Estudio de viabilidad de SYCL como modelo de programación unificado para sistemas heterogéneos basados en GPUs en bioinformática (Record no. 57849)

MARC details
000 -CABECERA
campo de control de longitud fija 05430nam a2200253 a 4500
003 - IDENTIFICADOR DEL NÚMERO DE CONTROL
campo de control AR-LpUFIB
005 - FECHA Y HORA DE LA ÚLTIMA TRANSACCIÓN
campo de control 20250311170529.0
008 - DATOS DE LONGITUD FIJA--INFORMACIÓN GENERAL
campo de control de longitud fija 230201s2023 ag a om 000 0 spa d
024 8# - Otro identificador estandar
Número estándar o código DIF-M8812
-- 9038
-- DIF008077
040 ## - FUENTE DE LA CATALOGACIÓN
Centro catalogador/agencia de origen AR-LpUFIB
Lengua de catalogación spa
Centro/agencia transcriptor AR-LpUFIB
100 1# - ENTRADA PRINCIPAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Costanzo, Manuel
245 10 - MENCIÓN DE TÍTULO
Título Estudio de viabilidad de SYCL como modelo de programación unificado para sistemas heterogéneos basados en GPUs en bioinformática
260 ## - PUBLICACIÓN, DISTRIBUCIÓN, ETC.
Fecha de publicación, distribución, etc. 2023
300 ## - DESCRIPCIÓN FÍSICA
Extensión 1 archivo (6,8 MB) :
Otras características físicas il. col.
502 ## - NOTA DE TESIS
Nota de tesis Tesis (Doctorado en Ciencias Informáticas) - Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Informática, 2023.
505 0# - NOTA DE CONTENIDO CON FORMATO
Nota de contenido con formato 1. Introducción -- 1.1. Motivación -- 1.2. Objetivos -- 1.3. Metodología -- 1.4. Alcances y limitaciones -- 1.5. Contribuciones -- 1.6. Publicaciones -- 1.7. Organización de la tesis -- 2. Marco Referencial -- 2.1. Sistemas heterogéneos basados en GPUs -- 2.1.1. HPC -- 2.1.2. Consolidación de aceleradores -- 2.1.3. GPUs -- 2.1.3.1. Tipos de GPUs -- 2.1.3.2. Características -- 2.1.4. Fabricantes -- 2.1.4.1. GPUs de NVIDIA -- 2.1.4.2. GPUs de AMD -- 2.1.4.3. GPUs de Intel -- 2.2. Modelos de programación heterogénea -- 2.2.1. CUDA -- 2.2.1.1. Modelo de plataforma -- 2.2.1.2. Modelo de ejecución -- 2.2.1.3. Modelo de memoria -- 2.2.2. OpenCL -- 2.2.2.1. Modelo de plataforma -- 2.2.2.2. Modelo de ejecución -- 2.2.2.3. Modelo de memoria -- 2.2.2.4. Comparación entre CUDA y OpenCL -- 2.2.3. OpenMP -- 2.2.3.1. Modelo de programación -- 2.2.3.2. Modelo de ejecución -- 2.2.3.3. Modelo de memoria -- 2.2.3.4. Soporte para programación heterogénea -- 2.2.4. OpenACC -- 2.2.4.1. Modelo de plataforma -- 2.2.4.2. Modelo de ejecución -- 2.2.4.3. Modelo de memoria -- 2.2.5. Kokkos -- 2.2.5.1. Modelo de plataforma -- 2.2.5.2. Modelo de ejecución -- 2.2.5.3. Modelo de memoria -- 2.2.6. RAJA -- 2.2.6.1. Modelo de plataforma -- 2.2.6.2. Modelo de ejecución -- 2.2.6.3. Modelo de memoria -- 2.3. SYCL -- 2.3.1. Modelo de plataforma -- 2.3.1.1. Compilación y ejecución -- 2.3.1.2. Backend SYCL -- 2.3.2. Modelo de ejecución -- 2.3.2.1. Modelo de Ejecución de la Aplicación SYCL -- 2.3.2.2. Modelo de Ejecución del Kernel en SYCL -- 2.3.3. Modelo de memoria -- 2.3.3.1. Buffers y Accessors -- 2.3.3.2. USM -- 2.3.4. Implementaciones SYCL -- 2.3.5. Comparación de los modelos de programación heterogénea -- 2.4. Métricas de evaluación -- 2.4.1. Rendimiento -- 2.4.2. Portabilidad -- 2.4.2.1. Ejemplo -- 2.4.3. Costo de programación -- 2.5. Bioinformática -- 2.5.1. Introducción -- 2.5.1.1. Aplicaciones -- 2.5.2. Alineamiento de secuencias biológicas (ASB) -- 2.5.3. Algoritmos para ASB -- 2.5.4. Clasificación de algoritmos -- 2.5.4.1. Alineamientos globales y locales -- 2.5.4.2. Programación dinámica y heurísticas -- 2.5.5. Algoritmos basados en programación dinámica -- 2.5.5.1. Global -- 2.5.5.2. Local -- 2.5.5.3. Semi-global -- 2.5.5.4. Solapado -- 2.5.6. Bases de datos biológicas -- 2.5.6.1. Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos -- 2.5.6.2. Bases de datos de proteínas -- 2.5.6.3. Bases de datos de nucleicos -- 2.5.7. Aceleración de ASB -- 2.5.8. GCUPS -- 2.5.9. Implementaciones para GPU -- 2.5.9.1. Búsqueda de similitud -- 2.5.9.2. Alineamiento de a pares -- 3. Caso de Estudio y Migración a SYCL -- 3.1. Selección de software para ASB -- 3.2. Caso de estudio: SW# -- 3.3. Herramientas y frameworks -- 3.3.1. Ecosistema de programación Intel oneAPI -- 3.3.2. Herramienta de migración -- 3.4. Proceso de migración -- 3.4.1. Errores de compilación y alertas -- 3.4.2. Errores en ejecución -- 3.4.3. Verificación funcional -- 3.4.4. Modernización de código y optimizaciones -- 3.4.5. Estandarización a SYCL (opcional) -- 3.5. Evaluación del esfuerzo de programación -- 3.6. Trabajos relacionados y discusión -- 4. Resultados Experimentales -- 4.1. Diseño experimental -- 4.1.1. Hardware -- 4.1.2. Software -- 4.1.3. Pruebas -- 4.1.4. Objetivos -- 4.2. Resultados de rendimiento y portabilidad -- 4.2.1. Rendimiento y funcionalidad -- 4.2.1.1. Tamaño del work-group -- 4.2.1.2. Longitudes de secuencia de consulta y bases de datos -- 4.2.1.3. Algoritmo de alineamiento y esquema de puntuación -- 4.2.1.4. Alineamiento de secuencias de ADN -- 4.2.2. Modelo para portabilidad de rendimiento -- 4.2.2.1. Instrucciones core de SW# -- 4.2.2.2. Características arquitectónicas en las GPUs de NVIDIA -- 4.2.2.3. Características arquitectónicas en las GPUs de AMD -- 4.2.2.4. Características arquitectónicas en las GPUs de Intel -- 4.2.2.5. Características arquitectónicas en CPUs -- 4.2.2.6. Rendimiento teórico máximo para plataformas usadas -- 4.2.3. Portabilidad en GPU individual -- 4.2.4. Portabilidad en multi-GPU -- 4.2.5. Portabilidad en CPU -- 4.2.6. Portabilidad en CPU-GPU -- 4.2.7. Portabilidad en implementaciones SYCL -- 4.3. Trabajos relacionados y discusión -- 5. Conclusiones y Trabajos Futuros -- 5.1. Conclusiones -- 5.2. Trabajos futuros
650 #4 - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL DE MATERIA--TÉRMINO DE MATERIA
Término de materia o nombre geográfico como elemento de entrada COMPUTACIÓN DE ALTO RENDIMIENTO - HPC
650 #4 - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL DE MATERIA--TÉRMINO DE MATERIA
Término de materia o nombre geográfico como elemento de entrada BIOINFORMÁTICA
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Rucci, Enzo ,
-- Director/a
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona García Sanchez, Carlos ,
-- Director/a
700 1# - PUNTO DE ACCESO ADICIONAL--NOMBRE DE PERSONA
Nombre de persona Naiouf, Ricardo Marcelo ,
-- Codirector/a
856 40 - LOCALIZACIÓN Y ACCESO ELECTRÓNICOS
Identificador Uniforme del Recurso <a href=" http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=2706"> http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=2706</a>
942 ## - ELEMENTOS DE PUNTO DE ACCESO ADICIONAL (KOHA)
Tipo de ítem Koha Tesis de posgrado
Holdings
Estado de retiro Estado de pérdida Estado dañado Disponibilidad Biblioteca permanente Biblioteca actual Fecha de adquisición Número de inventario Total de préstamos Signatura topográfica completa Código de barras Fecha visto por última vez Precio válido a partir de Tipo de ítem Koha Colección Identificador Uniforme del Recurso
      Préstamo a domicilio Biblioteca de la Facultad de Informática Biblioteca de la Facultad de Informática 11/03/2025 DIF-05321   TES 23/39 DIF-05321 11/03/2025 11/03/2025 Tesis de posgrado    
      No corresponde Biblioteca de la Facultad de Informática Biblioteca de la Facultad de Informática 11/03/2025         11/03/2025 11/03/2025 Tesis de posgrado Biblioteca digital https://doi.org/10.35537/10915/164928
      No corresponde Biblioteca de la Facultad de Informática Biblioteca de la Facultad de Informática 11/03/2025         11/03/2025 11/03/2025 Tesis de posgrado Biblioteca digital http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=2706